مرحوم آیتالله ابن العلم دزفولی دربارهی نامگذاری معظم له نوشتهاند:
بر اساس سنت و آداب و رسوم خانوادگی که هر مولودی را برای نامگذاری نزد علما میبردهاند، ایشان را نیز پس از تولد و تطهیر و تنظیف نخست به آستان مقدس و حرم مطهر علوی برده و او را دخیل عتبهی مقدسهی آن حضرت نموده، آنگاه نزد خاتم المحدثین ثقة الاسلام حاج میرزا حسین نوری، صاحب کتاب مستدرک الوسائل، بردند و ایشان پس از گفتن اذان و اقامه در گوش راست و چپ این کودک نام خود را که محمّدحسین بود [و مصادف با روز اربعین] به وی مرحمت کرد. سپس خدمت شیخ الفقهاء و المجتهدین حاج میرزا حسین بن حاج میرزا خلیل تهرانی بردند و او عنوان آقا نجفی را به او عنایت کرد. پس این کودک را به حضور جمالالزاهدین و زین السالکنی آقا سید مرتضی کشمیری بردند و ایشان کنیه ابوالمعالی را به وی داد. بعد او را نزد سید الفقها و المجتهدین آقای سید اسماعیل صدر بردند و او لقب شهابالدین را به وی مرحمت کرد که بیشتر به همین لقب شهرت دارد. سرانجام او را به محضر شیخ فقهای شیعه، شیخ محمّد طه نجف بردند و ایشان برای این کودک دعا کرد.
2. ویژگیهای تربیتی: یکی از مواهب الهی در حق این کودک آن بود که مادر وی هیچگاه بدو وضو به او شیر نداد و پس از دوران شیر خوارگی مواظبت کردند که لقمه حرامی و حتی شُبهه ناک به او ندهند و غالباً از غذای غیر حیوانی او را تغذیه میکردند.
پدر و مادر ایشان تمام اسباب تعلیم و تربیت دینی و دنیوی، علمی و فرهنگی و ظاهری و باطنی را فراهم نمودند تا ایشان در بیتی که سالها مورد علم و فقاهت و تقوا بود، رشد نموده و بالنده شوند و به مدارج عالی کمال علمی و عملی برسند. اصول صحیح تعلیم و تربیت اسلامی نقشی بزرگ و اساسی در شکلگیری شخصیت ایشان داشته است. ایشان نسبت به پدر و مادر خویش که نعمت تعلیم و تربیت و اتمام و کمال در حق وی ادا کرده بودند همیشه به صورت متواضعانهای ادای احترام میکرد. حتی در همان دوران اگر مادرش به او میگفت برو پدرت را از خواب بیدار کن؛ برای وی مشکل بود که با صدا زدن؛ پدر را از خواب بیدار کند از این رو همیشه برای بیدار کردن پدر بزرگوارش، صورت خود را به پای پدر میسایید و او را با این تمهیدات بیدار میکرد و چون پدرش بیدار میشد برای وی دعای خیر مینمود. چنان که آیتالله مرعشی بارها میفرمود: <من به این مقام و موفقیت نرسیدهام، مگر به برکت دعای پدرم>.
3. حکایت استاد و مهربانی شهاب: این نوجوان که در چنین خانوادهای بالیده بود، چنان شور و اشتیاقی در فراگیری علوم از خود نشان میداد که قابل توصیف نیست. او خود حکایت میکرد که روزی پس از درس استاد، به دنبال وی به طرف منزلش به راه افتادم و در مباحث مطرح شده در درس مناقشه و سئوال میکردم. تا آنجا که استاد از سؤالات و مناقشات من خشمگین گردید و محکم به سر من کوبید. من نه تنها ناراحت نشدم بلکه دست استاد را که به سر من کوفته بود، بوسیدم. با این حرکت من، اشک در چشم استاد حلقه زد و فرمود: ای شهاب مرا ادب کردی! این تواضع و فروتنی نخست مدیون تربیت خانوادگی وی و ثانیاً مرهون شهری است که هزار سال معدن علم و فقاهت و اجتهاد و اخلاق بوده است و ثالثاً در گرو تربیت و آموزش اساتید بزرگ و دانشمندان فرزانهای است که در شکلگیری شخصیت وی نقشی اساسی ایفا کردهاند.
4. ازدواج و نسب همسر: ایشان زندگی مشترک خود را با دختر مرحوم آیتالله حاج سید عباس فقیه مبرقعی رضوی قمی یکی از علمای بزرگ قم آغاز کردند. نسب آیتالله مبرقعی به سید جلیل القدر علامه سید رشید الاسلام رضوی قمی، تولیت آستانه حضرت بیبی فاطمه معصومه (س) در عصر صفویه بوده، و از او به امامزاده موسی مبرقع، فرزند حضرت جوادالائمه میرسد. ایشان یک پسر و چهار دختر داشتند که یکی از دختران همسر آیتالله سید شهابالدین مرعشی هستند.
5. اخلاق همسرداری: ایشان از نظر رفتار فردی و خانوادگی نیز بسیار ممتاز بودند.
همسر ایشان نقل کردهاند که: افزون بر 60 سال با آیتالله العظمی مرعشی زندگی کردم و در این مدت هیچگاه نسبت به من با تحکم سخن نگفت و با من رفتاری تند و خشونتآمیز نداشت و با تندی با من صحبت و رفتار نکرد. تا آن زمان که خود قادر به حرکت کردن و انجام کاری بود نمیگذاشت دیگران کاری برایش انجام دهند. حتی هنگامی که تشنه بود خود بلند میشد به آشپزخاه میرفت و آب میآشامید و به من نمیگفت. وی غیر از اینکه همسری خوب و مهربان و دوست داشتنی بود، برای من مانند یک رفیق صمیمی و همکاری غمخوار نیز بود و در کارهای منزل به من کمک میکرد. بسیاری از اوقات در کارهای آشپزخانه از قبیل درست کردن غذا، پاک کردن سبزی، شستن میوه و وسایل آشپزخانه به من کمک میکرد و رفتارشان برای تمامی افراد خانه الگو بود.
6. تعداد فرزندان: حاصل این ازدواج 4 پسر و 4 دختر است.
پسرها:
1) حجتالاسلام و المسلمین حاج سید محمود مرعشی نجفی.
2) جناب عمدة الاعلام، سید محمّدکاظم مرعشی نجفی.
3) حجتالاسلام و المسلمین حاج سید محمّدجواد مرعشی نجفی.
4) حجتالاسلام حاج سید امیرحسین مرعشی نجفی.
دختران:
1) همسر مرحوم حاج سید خلیل میری تهرانی از بازرگانان قدیم تهران.
2) همسر مرحوم حاج سید عباس موسوی حرمی، از خاندانهای قدیمی و سرشناس قم.
3) همسر حاج علی آقا فاضل لنکرانی، برادر بزرگ آیتالله فاضل لنکرانی.
4) همسر حضرت آیتالله حاج شیخ عباسعلی عمید زنجانی، از علمای بزرگ تهران و استاد دانشگاه و رئیس سابق دانشگاه تهران.
7. ارتباط نزدیک با نوهها: فرزند ارشد ایشان نقل کردهاند:
شبی با همسرم به منزل مرحوم آقا رفتیم. هنگام صرف شام در سر سفره چون تشنه شده بودم، از همسرم خواستم کمی آب برایم بیاورد، ناگهان حضرت آقا بشدت متغیر و ناراحت شدندو به من فرمود: اگر تشنه هستی خودت بلند شو و برای خودت آب بیار. زیرا زن در خانه مرد، برده نیست که با او چنین رفتاری شود و او نیز همانند تو دارای حق و حقوقی است که باید رعایت شود.
ایشان نسبت به فرزندان و افراد خانوادهی خویش نیز بسیار مهربان و خوشرفتار بود. برخی از شبها که نوههایشان در منزل جمع میشدند، معظم له برای آنها با بیانی شیرین و جذاب، حکایتها و داستانها میگفت و نوههایشان را سخت تحت تأثیر قرار میداد. سپس در لا به لای آن حکایات و داستانها نصایحی میفرمود که بسیار موثر بود.
8. تنگی معیشت: آیتالله العظمی مرعشی نجفی در زندگی خود بسیار فقیر و تنگدست بود و حکایتهای فراوانی در زندگی ایشان وجود دارد که نشان میدهد ایشان از همان اوان زندگی در نجف اشرف با تنگدستی و مشکل تأمین معاش مواجه بوده است. ایشان پس از رحلت پدر خود در 1338قمری یعنی از 23 سالگی گرفتار فقر و بیچیزی شدید بود، چنان که گاهی گرسنه میماند. ایشان به مرجعیت هم رسیدند باز در زندگی فردی و خصوصی خود گرفتار فقر و فاقه بود و نمیتوانست مخارج زندگی خود را به راحتی تأمین نماید، زیرا اگر مبلغی هم به دستش میرسید، برای خرید کتاب مصرف میکرد.
9. اشاره به نگذاشتن ارث در وصیتنامه: در وصیتنامهشان هم در این مورد ذکر کردهاند: من بعد از خودم چیزی زر و زیور دنیا به جای نگذاشتهام و هر چه به دستم رسید، حتی نذورات شخصی خودم را، برای رفع نیاز مردم و بویژه اهل علم صرف میکردم و چیزی از مال دنیا حتی به مقدار پوست هستهی خرمایی برای ورثه نگذاشتم... با اینکه اگر در صدد ارث گذاشتن مال و منال بودم، با موقعیتی که در جامعه داشتم، میتوانستم.
در عین اینکه مال بسیاری از سهم امام×، خمس، زکات و دیگر نذورات از جانب مقلدانش به ایشان تقدیم میشد، خود با وضع فقیرانهای زندگی میکرد.